Longue d'environ 19 km, la Paquine naît dans le département  du Calvados aux sources Paquin sur la Commune de Fumichon, et elle traverse six autres communes. Elle se jette dans la Touques à Ouilly-le-Vicomte près de Lisieux.

Cette rivière est l'une des plus préservées du Bassin Versant de la Touques. Elle parcourt environ 17 km de sa confluence avec la Touques jusqu'aux sources "Paquin". En amont de ces dernières, le cours d'eau est cartographié sur environ 9 km, mais semble être asséché et fonctionnel uniquement lors des fortes pluies. Une partie de l'eau des sources "Paquin" est captée par le Syndicat des Eaux de Saint Philibert des Champs. C'est un très bon affluent pour la remontée et la fraie des truites de mer, elle bénéficie du classement en rivière à poissons migrateurs. De plus, la vallée de la Paquine dispose de nombreuses zones humides, qui renferment une faune et une flore remarquable (orchidées, libellules...). La ripisylve en bord de cours d'eau, assez vieillissante à certains endroits, assure son rôle de corridor biologique et abrite une faune et une flore qui lui sont spécifiques. Néanmoins, même si le cours d'eau semble être dans un bon état général, il a été constaté plusieurs perturbations :

• les divagations du bétail dans le cours d'eau, même si elles restent peu nombreuses, qui détruisent les habitats aquatiques (frayères) via le piétinement des animaux et dégradent la qualité de l'eau, via les déjections des animaux,
• la présence d'ouvrages, notamment d'anciens vannages, actuellement et apparemment inusités, qui interrompent la continuité écologique,
• le maintien de mauvaises pratiques, notamment dans les zones d'habitations et de jardins : désherbant le long des cours d'eau, tontes de pelouse... qui provoquent des nuisances assez évidentes sur la qualité de l'eau.

Ces relevés ont été effectués lors de la réalisation de l'étude diagnostic du bassin versant de la Paquine en 2009-2010. Cette étude a abouti à des travaux d'entretien et de restauration qui ont été menés entre janvier 2012 et juillet 2014. Les travaux sont présentés sur la page suivante: Paquine et Courtonne