La Courtonne est un affluent secondaire de la Touques puisqu'elle est l'affluent principal de l'Orbiquet en rive droite. Elle naît près de Courtonne-les-deux-Eglises dans le Calvados. Son bassin versant draine les communes de Cordebugle, Courtonne-la-Meurdrac, Courtonne-les-deux-églises, Glos et Marolles. Son territoire, essentiellement bocager mais disposant de nombreux boisements et forêts, recèle de nombreux milieux gorgés d'espèces comme la Salamandre (voir photo ci-contre), la Grenouille agile, le Triton ponctué et le Triton palmé pour les amphibiens, se retrouvant notamment dans les annexes hydrauliques (petite mare, zone humide prairiale...), la Bergeronnette des ruisseaux pour les oiseaux, l'Ecrevisse à pieds blancs, en particulier au niveau des sources, le Chabot, la Truite fario... 

La vallée de la Courtonne est donc riche en espèces. Néanmoins, il apparaît que des facteurs viennent perturber fortement cet écosystème :

• les ouvrages hydrauliques (vannages, buses, aménagements sauvages), barrant le cours d'eau et constituant un obstacle à la remontée des espèces migratrices (Salmonidés),
• les décharges sauvages de tout type (casse, dépôts d'ordures ménagères, dépôt de remanents de tonte...), qui, en se dégradant, diffusent des pollutions et diminuent fortement la qualité de l'eau et donc la qualité d'accueil du milieu pour les espèces,
• les divagations répétées du bétail dans le cours d'eau, qui détruit, par son piétinement dans le cours d'eau, les habitats aquatiques (frayères),
• le défaut d'entretien des rivières ou leur sur-entretien, qui tend à créer un déséquilibre du milieu.

Ces relevés ont été effectués lors de la réalisation de l'étude diagnotic du bassin versant de la Courtonne en 2009-2010. Cette étude a abouti à un programme de travaux qui a été mené entre janvier 2012 et juillet 2014. Les travaux sont présentés sur la page suivante: Paquine et Courtonne

Bassin Versant : Surface drainée par un cours d'eau et ses affluents, délimitée en amont par les lignes de crête (points de plus hautes altitudes) et en aval par son exutoire (matérialisé généralement par une confluence avec un autre cours d'eau ou par un estuaire, ce qui est le cas pour la Touques).